纽约 - 美国食品和药物管理局正在准备开放下一个PrecisionFDA挑战，这是一项研究来自Oncopanel测序数据的Indel呼叫。
PrecisionFDA计划正在与FDA国家毒理学研究中心（NCTR）合作，以挑战生物信息学界，以开发，验证，基准和优化由SEQC2 Oncopanel测序工作组产生的数据的Indel调用管道。该工作组是六岁的FDA努力的一部分测序质量控制阶段2（SEQC2）开发有关下一代测序数据的标准分析协议和质量控制指标，以支持监管科学研究和精确医学。
NCTR将提供两个独特的Oncopanel测序数据集作为FASTQ和BED文件，后者用于描述每个面板的目标区域。然后，将要求参与者创建针对任何一个或两个数据集优化的管道。提交期将从5月2日至7月8日进行。
计划于7月11日至26日进行的可选第二阶段，该阶段涉及第一阶段参与者的第三个Oncopanel测序数据集以验证其管道。
PrecisionFDA计划在其网站上说：“鉴于Indels的研究没有像单核苷酸变体（SNV）那样多，因此必须严格评估和优化Indel调用工具。”
NCTR和Precisionfda正在服用预注册现在。获奖者将于8月下旬宣布。