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本次网络研讨会是四部分虚拟分子肿瘤板系列的第三部分。

在本次会议上，我们的专家小组成员将回顾基因组分析已确定具有可能临床相关性的结构变异的患者病例。

核酸测序技术的改进使得常规检测结构改变，如基因融合、扩增和基因组不稳定性特征成为vwin德赢ac米兰合作可能。特别是，基因融合的临床相关性已经扩大，导致了fda批准和临床支持的治疗方案。此外，全面基因组分析的增加利用有可能告知广泛的共同发生的体细胞和生殖系改变，这些改变可能与遗传疾病、治疗选择和治疗耐药性有关。

然而，这一技术进步增加了肿瘤学家的临床挑战，因为他们试图跟上治疗机会，并了解如何在其他生物标志物知情疗法中优先考虑治疗方案，这些疗法也可能根据综合基因组分析结果造福患者。

我们的小组将在具体临床病例的背景下解决这些挑战和机遇。会议将以现场问答结束，与会者可以与虚拟分子肿瘤委员会小组成员讨论病例。

越来越多的科学证据证明肠道微生物组与人类健康之间的相互联系，为研究微生物组并破译其在健康和疾病中的作用提供了大量机会。经过深思熟虑的实验设计、可靠的测序数据、高质量的数据分析和深刻的解释对于推进微生物组研究至关重要。

在迄今为止该领域最大的一项研究中，研究人员通过一项非常详细和严格的观察性研究，探索了人类微生物组- asd的相关性，使用宏基因组分析以及其他临床和生物学方法分析粪便样本。研究结果于2021年11月发表在《细胞》杂志上。

在本次网络研讨会上，主要研究人员克洛伊狂吠而且杰克·格雷顿博士将讨论这项研究的重要性，并将强调如何使用微生物组样本的高分辨率宏基因组分析来识别复杂数据集中的生物信息信号。大卫·伍德博士将概述处理和解释来自微生物组的宏基因组数据的关键生物信息学考虑因素，以及新发现的进一步机会。

同时原位大量细胞和标记物的分析对我们理解健康和疾病中的组织生物学是重要的。芯片细胞术是一种用户友好的基于光学成像的多重染色技术，是这种分析的强大工具，可用于新鲜冷冻和福尔马林固定的vwin德赢ac米兰合作石蜡包封(FFPE)组织样本。

在本次网络研讨会上，塞巴斯蒂安Jarosch她是慕尼黑工业大学的博士生，将描述使用芯片细胞术对FFPE样品进行高plex染色和分析的系统优化。Jarosch和同事们发现，多达30个标记的多路复用与开发的信号量化开源工作流程相结合，促进了高维组织分析。该平台可用于组织组成的定量分析和表型复杂稀有细胞的检测，可方便地应用于常规研究和临床病理。

这个网络研讨会是我们虚拟分子肿瘤系列的第四部分。

在本次会议上，我们的专家小组成员将回顾基因组分析已确定RAS或MEK途径中激活突变的患者病例。

在大多数癌症中已经观察到生长因子细胞信号通路的分子改变，并导致了新的治疗策略。这些通路通常受到RAS家族突变激活和/或mek介导的信号通路的影响。现在有MEK和RAS家族成员的抑制剂(包括KRAS G12C突变)，以及使用新型组合的新兴临床治疗策略。

肿瘤学家在解释这些发现时面临的临床挑战增加了，因为他们试图跟上治疗方案，特别是何时应用它们，以及如何在患者综合基因组分析报告中揭示的其他改变的背景下优先考虑RAS/MEK相关基因。

我们的小组将在具体临床病例的背景下解决这些挑战。会议将以现场问答结束，与会者可以与虚拟分子肿瘤委员会小组成员讨论病例。

单细胞分析创新实验室(SAIL)是一个前沿分子分析和数据分析的平台，为纪念斯隆凯特琳(MSK)社区的80多个基础和转化研究实验室服务。该实验室为研究人员提供了以细胞分辨率分析一系列组织来源的能力，从动物和基于细胞的模型系统到各种肿瘤类型，通过临床的各种方法进行活检。这些方法为免疫、肿瘤可塑性、转移、再生、伤口愈合和免疫治疗等癌症相关问题提供了深入的研究。SAIL的任务是在快速发展的单细胞测序和基于成像的分析领域吸收新兴技术，此外还提供强大的分析解决方案。SAIL拥有一个专门的计算团队，对新工具进行基准测试，并生成管道，以支持不断扩展的技术和数据模式。

在本次网络研讨会上，罗南ChaligneMSK单细胞研究计划主任，他将分享他在建立临床样本队列时遇到的共同挑战。他将介绍多年来为满足单细胞研究计划的需要而采用的不同技术，包括使用悬浮技术作为荧光激活细胞分选(FACS)的替代品。vwin德赢ac米兰合作

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的诊断和疾病进展风险患者的识别依赖于肝活检，强调了非侵入性生物标志物改善临床实践的机会。在本次网络研讨会上，演讲者将讨论非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者分层的蛋白质生物标志物的发现和验证。他们的工作发现包括使用定制的5k-plex SomaScan Assay鉴定NAFLD中与纤维化相关的循环蛋白，通过基于正交靶向质谱的技术进行验证，以及在多个独立的临床队列中通过机器学习方法进行生物标志物性能评估。

你将了解到:

• 迫切需要识别非侵入性生物标志物，以改善NAFLD的临床决策和药物开发。
• 使用SomaScan检测发现的候选生物标志物的多重验证策略。

基因组大麻。大约900 Mb - 63% AT-rich和1 - 2%的多态。由于其规模和重复性，靶向测序方法是可取的。大麻素已被证明是一种治疗性化合物，可用于癫痫、癌症、自身免疫性疾病，甚至可能用于COVID-19。了解控制这些不同化合物表达的遗传学可以帮助定向育种，最大限度地提高合成产量。的大麻素表达的遗传大麻中含有Bt:Bd等位基因第一次描述了De Meijer著等．在大麻全基因组测序研究中，该位点被进一步解析为拷贝数变异(CNV)。已知THCAS和CBDAS品种具有预测大麻素表达的拷贝数变异。使用SureSelect目标富集探针，凯文麦凯南同事们能够识别出预测非精神活性大麻酚酸产生的拷贝数变异和点突变。这种大麻素最近被描述为一种阻止SARS-CoV-2细胞进入的化合物。

主题:

• CNV预测大麻素表达。
• 预测大麻素表达的点突变。
• X染色体和Y染色体的含量。
• 与萜烯合成、类黄酮、开花和病原体反应相关的其他基因组靶点也被靶向。
• 大麻血统。
• 开源的SureSelect数据在Kannapedia.net:超过1497个品种。
• 一个10mb安捷伦社区设计NGS大麻基因组面板现已可用

仅供研究使用。不用于诊断程序。

安捷伦产品和解决方案旨在用于大麻质量控制和实验室安全测试，在州/国家法律允许的情况下使用。

在本次网络研讨会上，意大利米兰Buzzi儿童医院儿科急诊科医学顾问Lucia Barcellini将讨论CD4+和CD8+ T细胞在结核病感染免疫应答中的作用。她将讨论T细胞的表型和功能特征如何成为疾病活动的有价值的标记，并在特殊群体中协助诊断。

中国医学科学院和北京协和医学院病原生物学研究所教授高磊将讨论结核病预防治疗的保护效果及其与干扰素- γ释放试验(IGRA)结果的关系，并在其预测价值的背景下进行讨论。他还将讨论IGRA检测在评估中国全国潜伏结核病感染负担中的作用和地位。

TDP-43是一种中枢RNA结合蛋白(RBP)，参与肌萎缩性侧索硬化症(ALS)的发病机制。约97%的ALS患者死后组织呈现TDP-43聚集物，TDP-43蛋白病在其他神经退行性疾病(如痴呆症)中也很常见。

导致ALS的TDP-43突变会影响其冷凝特性。目前对于TDP-43冷凝在内源性RNA结合位点的选择以及RNA调控中的作用尚不清楚。为了解决TDP-43的RNA特异性问题，玛蒂娜Hallegger和同事们在几个细胞系统中创造了不同的TDP-43变体。他们在TDP-43的c端本质无序区(IDR)中引入了缺失和突变，以从负向正的梯度改变缩合特性在体外而且在活的有机体内．

利用UV交联和免疫沉淀(iCLIP)和3' mRNA-seq，研究小组表明TDP-43凝聚促进了其在RNA结合位点的高效组装，这些结合位点具有独特的序列特征，包括富含gu的基序的高度多价排列。

Hallegger及其同事确定了IDR内的保守区(CR)对于TDP-43的高效缩合至关重要，并评估了影响缩合特性的CR突变如何影响TDP-43的RNA结合和调节功能。值得注意的是，他们发现CR中的点突变在多个水平上具有相同的影响梯度:体外凝结，细胞核中TDP-43焦点的形成和动态，与转录组中特定的RNA序列结合，以及RNA加工的调节。他们的研究结果证实，改变TDP-43的凝结特性可以通过调节其RNA相互作用来选择性地微调其RNA调控网络。他们推测als相关的凝结改变会干扰这种适当的网络调节，特别是在疾病早期，并对TDP-43的自动调节产生深远的影响。

本次网络研讨会将涵盖:

• 神经退行性疾病中RNA加工受损。
• RBP凝结。
• RNAseq, iCLIP，及其分析。

表观遗传生物标记物正在成为包括癌症在内的各种疾病的早期检测工具。然而，到目前为止，直接从患者血液中调查候选表观遗传生物标志物以进行诊断或患者分层的工具是有限的。质谱是发现生物标志物的强大解决方案，但血液的高度复杂性以及血液蛋白质的丰富性为使用质谱作为发现工具带来了重大挑战。

Volition公司开发了一种检测和量化血浆样本中循环核小体及其相关修饰的新方法。该方法是基于使用新开发的免疫沉淀方法捕获完整的循环核小体，然后使用液相色谱结合串联质谱(Nu。问Capture-MS)。

鉴定循环核小体的组蛋白翻译后修饰特征，并随后发现新的生物标志物，Volition，与阿克塞尔Imhof该公司在一系列试点研究中实施了这一创新方法，利用来自癌症患者(结直肠癌、非霍奇金淋巴瘤、肺癌)和健康对照的血浆样本。

在这个环节，Imhof将介绍Nu。Q捕获质谱技术，概述初步研究的发现，并强调Nu。Q捕获可以作为上游血液样本处理步骤，以促进新的生物标志物的发现。特里·凯利Volition的首席创新官将概述该技术如何添加到Volition的表观遗传学工具包中，并解释该公司如何通过其Nu与EpiQMAx等其他组织合作。Q发现主动性。