Seer公司的Proteograph蛋白质组学平台有望在明年全面商业化发布，一些早期用户最近展示了使用该系统生成的数据。
本月初在费城举行的美国质谱学会年会上，来自俄勒冈健康与科学大学、布罗德研究所、桑福德·伯纳姆·普瑞比斯医学发现研究所和蛋白质组学软件公司Protein Metrics的研究人员做了海报演示，详细介绍了他们使用Seer的蛋白质组学技术。vwin德赢ac米兰合作
Seer的Proteograph系统使用纳米颗粒为基础的蛋白质富集样本，如人类血浆，使更深层次的蛋白质组学发现实验在高通量。这项技术vwin德赢ac米兰合作的基础是观察到，当纳米颗粒在生物样品中培养时，它会收集蛋白质，形成“电晕”。鉴于此，纳米颗粒可以作为富集工具，允许研究人员从样本中提取蛋白质，然后他们可以使用质谱仪等技术进行识别和量化。
从蛋白质组学分析的角度来看，值得注意的是，纳米颗粒似乎从血浆等样品中存在的很大一部分动态范围中收集蛋白质。这意味着它们可以让研究人员分析低丰度的蛋白质，而不需要使用耗时和昂贵的步骤，如蛋白质消耗和分离，而这些步骤是旨在深入蛋白质组的基于质量谱的实验所需要的。
在一篇论文去年发表于自然通讯在美国，Seer的员工和相关研究人员使用该平台分析了来自非小细胞肺癌患者和健康对照组的141份血浆样本，每个实验对象平均识别出1664种蛋白质，所有实验对象的蛋白质总和超过2000种。
Seer的研究人员还在今年10月举行的美国人类遗传学学会年会上展示了一张海报，其中他们使用该平台对2020年肺癌样本的一个子集进行了蛋白质基因组分析自然通讯研究。他们对该研究中29个研究对象的外显子进行了测序，并使用这些数据为每个个体创建了质谱仪搜索库。利用这些数据库，他们在29个样本中识别出464个肽变体，这些变体对应于研究人员之前发现的肺癌病例和对照组之间表达差异的16种蛋白质中的7种。
Seer生物信息学产品营销经理Margaret Donovan是该研究的第一作者，她说她和她的同事们假设“可能是选择性剪接导致了氨基酸序列的这些差异”，尽管她指出这需要在额外的实验中验证。
在最近的ASMS会议上提出的研究进一步表明，Seer的技术可以使血浆蛋白质组的覆盖范围比迄今为止可能提供类似吞吐量水平的工作流更深。vwin德赢ac米兰合作
Broad的研究人员使用该系统分析了三名计划进行心肌梗死的患者的血浆蛋白质组，观察了五个不同时间点采集的血液样本，平均每个样本检测到2200个蛋白质，在所有15个样本中检测到4000多个蛋白质。这项工作是在Thermo Fisher Scientific Exploris质谱仪上使用1小时LC梯度完成的，重新分析了三组患者样本，这些样本是由Broad的几名研究人员在2017年的一项实验中分析的，该实验提出了迄今为止最深入的血浆蛋白质组分析之一，量化了超过3500个蛋白质。
这一努力然而，该方法依赖于对患者样本的广泛分离，需要超过一周的样品准备工作和120次质谱仪测试。此外，该研究还使用了耗竭列GenWay SuperMix，布罗德大学蛋白质组学主任、两项研究的作者史蒂文·卡尔(Steven Carr)表示，该列已不再可用，这将阻碍未来研究通过耗竭实现同样深度的覆盖。
相比之下，研究人员本月在asm上展示的工作——虽然没有像最初的研究那样深入到蛋白质组——需要在Proteograph系统上进行7小时的自动样品准备，然后进行80次LC-MS测试。研究人员检测了包括心脏肌钙蛋白在内的临床相关蛋白，以及在原始实验中检测到的约300种调控蛋白中的150多种，以及计划性心肌梗死的新的潜在标记物。此外，与早期的研究相比，Seer的工作在更早的时间点检测到心脏肌钙蛋白，并且每个心脏肌钙蛋白检测到更多的肽。
OHSU团队展示了一项小型试点研究的数据，该研究分析了32个前列腺癌患者的血浆样本，其中一半是低级别前列腺癌患者，另一半是高级别前列腺癌患者。使用Proteograph系统和Bruker timsTOF Pro质谱计，研究人员在高级别样本中平均识别出947个蛋白质，在低级别样本中平均识别出960个蛋白质，总共识别出1545个蛋白质。OHSU的研究人员现在正在跟进一项大规模的前列腺癌研究，有500到1000个标本，有明确的临床终点。
Protein Metrics团队专注于糖蛋白分析，发现Seer的纳米颗粒可以有效富集血浆糖蛋白，并且可以在不需要额外的糖肽类特异性富集的情况下对这些蛋白质进行研究。
同时，Sanford Burnham prebyys的研究人员将Proteograph系统与串联质量标签(TMT)复用相结合，使用16plex ttpro试剂，用Proteograph处理后将其分成24个馏分。然后，他们在配备FAIMS Pro系统的Orbitrap Fusion Lumos上使用100分钟的LC梯度运行分数。使用这种每天可以运行8个样本的工作流程，研究人员共检测到9个数量级的2785个蛋白质组，包括细胞因子等低丰度分析物。
在Seer最近的第三季度财报电话会议上，该公司总裁兼首席运营官奥米德·奥斯塔丹(Omead Ostadan)强调了桑福德·伯纳姆·普瑞比斯的工作所展示的覆盖深度，指出研究人员能够识别每毫升皮克图范围内的蛋白质，如细胞因子。这在灵敏度上有了很大的提高典型的基于质谱的血浆蛋白质组学实验．
Seer的高级主管Daniel Hornburg说，在内部工作中，当分析未耗尽的血浆时，该公司使用该系统能够获得四倍于标准血浆蛋白质组工作流程的蛋白质id数量。他说，与分析消耗殆尽的血浆相比，研究人员在蛋白质鉴定方面通常会有三倍的改进。他补充说，由于其内部工作流程采用了构成现有Proteograph系统的5种纳米颗粒，该公司目前能够测量每个血浆样本超过3000种蛋白质。
除了Seer，还有一些公司正在努力改进血浆蛋白质组学分析，目标是将深度和吞吐量相结合，这是该领域长期以来未能实现的。因为Seer基本上是一家样品准备公司，它的技术可能与许多这些工作流程兼容，也可能与其他新兴的蛋白质组学技术兼容。vwin德赢ac米兰合作
例如，本月，瑞士蛋白质组学公司Biognosys开始提供一项血液生物标志物发现服务，该公司表示，每个样本最多可以量化3,000个蛋白质。
与此同时，蛋白质组科学公司已经开始使用ttmcalibrator工具进行大规模实验，该工具可以量化血浆中的5000多种蛋白质，尽管这一工作流程的吞吐量相对较低。
与此同时，SomaLogic基于适配体的SomaScan平台可以测量血浆中的7000种蛋白质。与此同时，Olink的Explore平台目前可以在血浆中测量1500种蛋白质，该公司计划在今年年底前开始发货新版本的平台，每个样本可以测量3000种蛋白质。