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PLOS论文:宏基因组抗生素耐药管道,利什曼原虫适应度,APC与癌症的关系

公共科学图书馆遗传学,来自剑桥大学、爱丁堡大学和墨尔本大学的研究人员描述了一种无培养物的“Hi-C辅助宏基因组学用于耐药性跟踪”(HAM-ART)针对管道从宏基因组序列数据中收集基因组和染色体外AMR基因,挖掘抗微生物药物耐药性(AMR)基因。通过这种方法,研究小组在猪场采集的100个粪便微生物组样本中应用HAM-ART时,在抗生素使用水平较高或较低的猪场中检测到不同的抗生素耐药性水平。“我们的方法提供了一种新的耐药性基因追踪方法,”作者写道,“这也导致了高质量的宏基因组组装基因组的产生,包括移动遗传元件上的基因,如质粒,否则不会包括在这些组装基因组中。”

来自法国、以色列和捷克共和国的研究小组提出了一项研究结果多组学因素分析影响健康的杜氏利什曼虫寄生虫,以内脏利什曼病而闻名。在他们的报告中PLOS病原体,研究人员使用基于全基因组测序的拷贝数分析、RNA测序和蛋白质组学分析来比较早期和晚期l . donovani在实验室里接受适应的寄生虫培养。”利什曼虫寄生虫缺乏转录控制,而是利用基因组的不稳定性来适应宿主环境。”“分析在体外通过基因拷贝数(基因组水平)和基因表达变化(转录组和蛋白质组水平)来适应仓鼠来源的寄生虫,我们表明这些寄生虫可能利用小核仁rna (snoRNAs)通过转录后调控和修饰核糖体的建立来减轻基因组不稳定的毒性效应。”

对于一个论文中出现的《公共科学图书馆•综合》,中国的研究人员利用现有的生物信息学工具和来自癌症基因组图谱项目和基因表达Omnibus数据库的数据,考虑了许多癌症类型的APC基因表达、突变和甲基化特征。虽然APC基因表达倾向于在大多数肿瘤样本中相对较低,但该团队的泛癌症分析指出了APC表达、免疫细胞浸润、患者预后和其他肿瘤或临床特征之间的潜在联系。作者写道:“我们对APC的第一个泛癌分析表明,APC表达增加……在各种肿瘤中与临床预后、癌症病理分期、DNA甲基化、蛋白磷酸化、免疫细胞浸润和遗传改变有统计学相关性,这有助于根据临床肿瘤样本结合临床参数理解APC在肿瘤发生中的作用。”

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基因组分析指向亚洲黑熊杂交物种形成

在美国国家科学院院刊的一项新研究中,研究人员将亚洲棕熊追溯到北极熊/棕熊/黑熊和马来熊/懒熊的祖先。

研究追踪临床决策支持对初级保健环境中BRCA1/2检测的影响

在JAMA网络开放研究中,研究人员考虑了患者和临床医生的决策支持对遗传咨询和遗传性乳腺癌和卵巢癌检测摄入的影响。

奥地利以废水为基础的流行病学被证实为SARS-CoV-2监测策略

研究人员在《自然通讯》杂志上收集了奥地利各地的数千个废水样本,跟踪了SARS-CoV-2变种的轨迹。

研究追溯婴儿肠道微生物对固体食物反应的分类学和功能特征

研究人员在跟踪开始食用固体食物的婴儿的肠道微生物群落、基因和代谢物时,发现了分类学上的变化,但没有显著的功能性基因变化。
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