芝加哥——精准医疗已经出现，但仍有很大的改进空间。
芝加哥大学临床癌症遗传学和全球健康中心的创始主任Olufunmilayo Olopade周四在美国医学信息学协会(AMIA)信息学峰会的闭幕全体会议上说:“我们实际上真的处于一个精确的时代。”
“我们可以针对突变，无论是生殖系的还是体细胞的，现在我们已经有了数据。我们可以得到细粒度的数据，看看人们住在哪里。我们可以知道他们来自什么社区，我们实际上可以把社会环境和社会压力因素整合到我们如何开发靶向治疗、靶向筛查和预防或癌症拦截，”奥拉帕德说。他在1992年开办了一家癌症风险诊所，这远远早于第一个人类基因组测序。
然而，这位在2005年获得麦克阿瑟奖学金(又名天才奖)的著名基因肿瘤学家表示，在研究人员和临床医生能够基于不同的数据集准确评估患者之前，精准医疗的愿景不会完全实现。
奥洛帕德说:“我们有着不同的肤色和不同的基因。”“然后，如果我们真的考虑乳腺癌，就会发现异质性。你不知道你是否会有患er阴性乳腺癌的风险，所以你不知道应该多久做一次乳房x光检查。”
这就是遗传异质性为临床决策提供信息的地方。
奥洛帕德说，“我职业生涯中最具变革性的事件之一”是一名34岁的黑人女性，她被诊断为早期三阴性乳腺癌。
在那个时候，乳房切除术已经不再受欢迎，奥洛帕德说，她通过提供乳房肿瘤切除术、放疗或化疗而不是乳房切除术的选择，“获得了”这位女性的信心。通过对五代人的家谱研究，奥拉帕德掌握了丰富的家族史，她下令对患者的一些亲属进行基因测试，从中她发现许多家庭成员都有BRCA1突变。
奥拉帕德为了防止卵巢癌，建议进行卵巢切除手术，但由于化疗的副作用，她停止了工作，失去了医疗保险。这名女子随后患上了卵巢癌，并死于卵巢癌。
这个不幸的案例促使奥洛帕德与玛丽-克莱尔·金合作，她是第一个发现BRCA1基因并将该基因突变与遗传性乳腺癌联系起来的人。奥洛帕德和金研究了BRCA1在不同人群中的表现，而不只是欧洲血统的女性，因为早期的研究仅限于欧洲血统的女性。
此后，使基因数据集多样化成为奥洛帕德工作的中心重点。
奥洛帕德说:“我开始思考，除了没有保险之外，为什么黑人女性还会死亡。”“接下来的问题是:我们如何通过研究散乱的非洲黑人女性来找到乳腺癌异质性的根源?”
在她的研究工作中，奥洛帕德和同事们发现，在他们用来评估乳腺癌风险的参考基因组中，非洲裔人群中大约10%的基因组缺失了。这就产生了基于不完全基因组的信息学算法。
奥洛帕德说:“现在我们有了进行全基因组测序和研究突变特征的工具，我们实际上可以开始研究粒子，然后我们可以真正开始将生殖细胞遗传学与体细胞遗传学相结合。”
在奥洛帕德的诊所，以及在她看到的40岁以下的非白人女性不符合医学文献中乳腺癌基因特征的海外病例中，诊断常常会延迟。显然，在这些人群中，50岁时第一次做乳房x光检查不会发现很多癌症。
它实际上是双向的。“当女性去做乳房x光检查时，如果你不给她们提供基因检测，她们会错过机会吗?”奥洛帕德在演讲时大声地问。
Olopade发表研究在癌症细胞去年讨论了非白人群体的遗传变异，包括那些遗传混合率高的群体。她说，这篇论文将为她的诊所提供机会，开发结合生殖细胞和肿瘤遗传学的生物标志物临床试验。
奥洛帕德说:“当你有了正确的工具来对肿瘤正常进行分类，当你对整个基因组进行排序，你实际上有了关于整个基因组的[信息]，那么你就能够进行更好的分类。”
2019年是奥拉帕德乳腺癌基因组学多样化的一个关键转折点启示由Mathew Knowles，歌手Beyoncé和Solange Knowles的父亲，他患有与BRCA2突变有关的乳腺癌。
奥洛帕德说:“很多文献都是关于犹太妇女和BRCA1和BRCA2的风险。”诺尔斯的新闻向世界表明，文学作品忽略了许多其他人群。
然而,Olopade和其他很多人一样该公司在从电子健康记录中提取突变证据方面遇到了困难。“这就是为什么我们需要所有信息学人员，”她告诉AMIA的观众。“如果(数据)被锁定在电子病历中，没有人会采取行动，这就是我们在自己的医院发现的情况。”
理想情况下，由电子病历系统提供的临床决策支持系统会在病人出现可能需要进一步检测的突变时告诉临床医生。例如，芝加哥大学(University of Chicago)已经开始为乳腺癌高危女性提供核磁共振成像(mri)，以提高她们检测肿瘤的能力。
“我一直对开发预测、先发制人和预防攻击的工具非常感兴趣，”Olopade说。“让我们真正为人口风险分层和人口健康管理做一个案例。”这将需要信息学专业人士。
为了解决信息学方面的问题，奥拉帕德和她的女儿菲伊·奥拉帕德·阿约德尔成立了CancerIQ。阿约德尔是这家总部位于芝加哥的公司的首席执行官，而她的母亲是这家公司的首席科学顾问1400万美元B轮投资本月。
Olopade讨论了CancerIQ与Adventist Health合作．位于加州罗斯维尔的医疗系统正在全面评估在初级保健设置和乳腺成像中心的患者的遗传易感性癌症通过基督复临安息日会健康早期全方位检测计划该项目是一项旨在改善遗传性癌症风险评估的多学科倡议。
虽然只有一小部分患者将通过这一策略满足基因检测的标准，但该项目使该组织能够更好地确定哪些人应该根据当前的指导方针进行检测。
Adventist在2020年表示，AHEAD已经将基因组学更紧密地整合到初级保健中。它还增加了收入，从长远来看可能会节省资金和生命。最终，卫生系统希望看到目前的指导方针能够解释严重依赖家族史来决定哪些病人应该接受基因检测的不足。
在AMIA主题演讲结束后，奥拉帕德在接受GenomeWeb采访时表示，癌症风险的基因筛查必须从初级保健水平开始。她说:“即使是初级保健提供者也在采用以家庭为基础的检测和以社区为基础的干预措施，[所以]这应该更容易管理。”
另一方面，Olopade说，无论数据集或参考基因组有多么多样化，如果这些信息在治疗时没有提供给临床医生，那么这些数据集或参考基因组在临床中就没有用处。
奥洛帕德说，她在芝加哥大学的诊所已经建立了信息学基础设施，因此基因型被放入关系数据库中，从而驱动临床决策，但这是一个罕见的基于定制编程的实例。
奥洛帕德说:“为了实现精准医疗，我们需要弄清楚[在电子病历中]如何进行基因型测定。”“你不需要整个基因组。你只需要基因型。如果每个病人都有5个变种他们需要担心，然后把这5个变种的基因型。这就是你所需要的。”