纽约-中国疾病预防控制中心的研究人员及其合作者从患者样本中对2019年新型冠状病毒(2019- ncov)病原体进行了测序，发现它与2002年和2003年引起流行病的严重急性呼吸综合征(SARS)病毒以及2012年检测到的中东呼吸综合征(MERS)病毒在基因上不同。
正如他们在周三所描述的《柳叶刀》研究人员对来自9名住院患者的支气管肺泡灌洗液和培养分离物的样本进行了测序，其中8名患者曾去过中国武汉的华南海鲜市场。4个样本被送往华大基因，在该公司的DNBSEQ-T7平台上进行测序。此外，中国疾控中心研究人员利用Sanger、Illumina和Oxford Nanopore测序组合技术，从其中6个样本(其中2个来自同一名患者)中获得了2019-nCoV完整和部分基因组序列。利用Sanger测序技术将病毒contigs连接起来以获得完整的基因组，研究人员通过快速扩增cDNA末端来确定末端区域。
他们总共从9名患者身上开发了10个2019-nCoV基因组序列，其中8个是完整的。然后，他们对2019-nCoV基因组和其他冠状病毒基因VWIN娱乐网站组进行了系统发育分析，以确定这种新病毒的进化史，并帮助推断其可能的起源。
作者写道:“值得注意的是，2019-nCoV与2018年在中国东部舟山收集的两种蝙蝠来源的严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒蝙蝠- sl - covzc45和蝙蝠- sl - covzxc21密切相关(识别率为88%)，但与SARS- cov(约79%)和MERS-CoV(约50%)的距离更远。”“系统发育分VWIN娱乐网站析显示，2019-nCoV属于贝塔冠状病毒属的sarbecvirus亚属，与其最近的近亲bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21的分支长度相对较长，在基因上与SARS-CoV不同。”
SARS于2002年11月在中国广东出现，在37个国家造成8000多人感染和774人死亡。中东呼吸综合征于2012年首次在沙特阿拉伯发现，自2012年9月以来，已造成2494例经实验室确认的感染病例和858例死亡，其中38人在一次传入韩国后死亡。
研究人员还发现，8个完整的2019-nCoV基因组的相同程度超过99.98%，这表明该病毒是最近才出现在人类中。最大的核苷酸差异是4个突变。
重要的是，他们补充说，2019-nCoV与SARS-CoV完全不同，可以被认为是一种新的感染人类的β冠状病毒。尽管系统发育分析表明蝙蝠可能是该病毒的原始宿VWIN娱乐网站主，但武汉海鲜市场上出售的一种动物可能是促进病毒在人类中出现的中间宿主。
作者指出:“显然，这种感染是一个重大的公共卫生问题，特别是由于这次疫情的爆发恰逢中国春运高峰，在此期间将有数亿人在中国旅行。”“作为一种典型的RNA病毒，冠状病毒的平均进化速率约为10- - - - - -每年每个位点的核苷酸替换，在每个复制周期中产生突变。因此，令人惊讶的是，来自不同患者的2019-nCoV序列几乎相同，序列一致性超过99.9%。这一发现表明，2019-nCoV在很短的时间内来自一个来源，而且检测速度相对较快。”
然而，他们补充说，需要对出现的突变进行持续的监测。尽管系统发育分析表明，一般来VWIN娱乐网站说，特别是2019-nCoV，存在一个蝙蝠储存库，但一些事实表明，另一种动物正在充当蝙蝠和人类之间的中间宿主。首先，疫情首次报告是在2019年12月底，当时武汉的大多数蝙蝠物种都在冬眠。第二，华南海鲜市场没有发现或出售蝙蝠。第三，2019-nCoV与其近亲蝙蝠- sl - covzc45和蝙蝠- sl - covzxc21之间的序列一致性小于90%，体现在它们之间的分支相对较长。因此，蝙蝠- sl - covzc45和蝙蝠- sl - covzxc21不是2019-nCoV的直接祖先。
此外，研究人员说，蝙蝠充当了SARS-CoV和MERS-CoV的天然宿主，另一种动物充当中间宿主，人类充当终端宿主。因此，2019-nCoV似乎也可能最初由蝙蝠宿主，并可能通过华南海鲜市场出售的目前未知的动物传播给人类。
研究人员总结说:“我们的结果表明，重组事件很复杂，更有可能发生在蝙蝠冠状病毒中，而不是2019-nCoV。”“因此，尽管发生了重组，但重组很可能不是这种病毒出现的原因，尽管如果发现了更密切相关的动物病毒，这种推断可能会改变。”