纽约-一个国际研究团队使用了来自溃疡性结肠炎患者的转录组学数据，开发了一种预测多基因转录风险评分(PPTRS)，该评分可以识别uc感染患者，其进展到大肠手术切除的风险增加了5倍。
在这篇论文发表在周四的美国人类遗传学杂志乔治亚理工学院领导的研究小组指出，5%到10%的UC患vwin德赢ac米兰合作者在确诊后的五年内需要进行肠切除术或结肠切除术，但基于全基因组关联研究的多基因风险评分通常不能提供有意义的预测进展到手术。然而，克罗恩病的研究表明，通过转录风险评分(TRS)， gwas显著基因的基因表达谱提供了向复杂疾病进展的风险分层。
在他们的论文中，研究人员证明了UC患者队列中基于直肠基因表达量测量的TRS对结肠切除术有接近50%的阳性预测价值。研究人员说，单细胞分析表明，疾病相关基因在来自上皮和免疫隔室的多种不同细胞类型中都是活跃的，表达定量性状位点分析确定了在基线和一年随访时具有不同影响的基因。但在大多数情况下，他们发现与结肠切除术风险相关的差异表达与局部基因调控无关。
总的来说，他们的数据表明，从相对较小的转录组数据集中预测基因表达可以与全转录组关联研究结合使用，以分层疾病并发症的风险。
研究人员首先对PROTECT多中心儿童初始队列研究中对标准化结肠炎治疗反应的个体进行基线直肠RNA-seq活检之间的差异表达分析。对21例进展到结肠切除术的患者和310例未进展到结肠切除术的患者进行了分析。他们在结肠切除术的个体中发现了783个转录本的下调和1405个转录本的上调。
他们还在第52周获得了92个受影响个体的直肠活检RNA-seq数据，并在随访中观察到基因表达的显著变化，促使他们询问基因表达的局部调节是否可能导致这种影响。他们发现在这两个时间点有72个snp显著地调节了308个基因。
研究人员说，从直肠活检中获得的单细胞RNA-seq数据集中，对结肠切除相关基因表达的进一步检查提供了强有力的证据，表明上皮细胞和免疫细胞都与疾病进展的风险有关。
研究人员随后进行了TWAS，以捕获PROTECT直肠活检中表达的每个转录本1 Mb内所有多态性的影响，然后使用权重来预测来自英国生物银行的验证队列中的基因表达。他们在70%的验证样本中检测了差异预测基因表达，发现uc患者中约有800个基因相对于非ibd对照个体上调或下调。然后，他们根据小等位基因的效应大小推导出UC的PPTRS，并将其应用于其余30%的验证样本和PROTECT基因型，发现PPTRS有效地区分UC感染个体和非ibd对照个体。
值得注意的是，在英国生物银行(UK Biobank)和PROTECT中，接受结肠切除术的个体与未接受结肠切除术的个体也受到了歧视。
“更广泛的单细胞分析，结合基因表达的细胞类型特异性遗传分析，很可能导致更好的转录风险特征的发展，”作者总结道。VWIN娱乐网站“这种有针对性和个性化的分析也有可能突出特定受影响个体的特定病理机制。”
然而，他们也注意到，这些结果受到PROTECT研究中结肠切除的相对小样本量的限制，跨祖先评估的验证——以及跨人群基因表达预测一致性的评估——应该是优先考虑的。
通讯作者、GIT研究员Greg Gibson在一封电子邮件中指出，虽然该研究的多层复制表明直肠的转录谱谱极大地增强了结肠切除术风险的风险分层，但这不是一项临床试验，因此该方法尚未被批准用于患者的评估。
他补充说:“我们希望该协议能在不久的将来得到实施。”“仅从基因型预测不太可能有临床应用，因为精确度仍然相当低，所以这方面更面向研究。”
他进一步指出，他和他的同事使用的方法也可以应用于广泛的疾病，他们正在进行这方面的研究。