New YORK(GenomeWeb)-只使用纳米粒子生成阅读器,Agbio公司KeyGene的研究人员组装真菌基因组希佐科尼亚索拉尼.
KeyGene的Martin de Vos和同僚使用OxfordNanopore技术MinIon生成54兆基基因组序列R.索拉尼农业害虫感染并引起包括玉米、大米和大豆在内的重要经济作物的疾病
内预印BioRxivde Vos和他的同事报告,他们的阅读长度优化方法使他们能够生成高度毗连汇编,该汇编大于先前使用短读法生成的汇编但他们指出,纳米粒子组件误差率高于通常期望值
研究者写道 他们的“结果显示 高质量近完成eukarygro
研究者使用大小选择除去小脱氧核糖核酸碎片R.索拉尼样本隔离 留有高分子权数DNA 以最大化阅读长度从中生成三大长插入纳米粒子库:二类随机剪切脱氧核糖核酸平均长度分别为12.5千米和18.8千米,第三类完整基因组脱氧核酸
并用Oxford Nanopore Minlon制作近77 8002D传文,译为834兆基和平均阅读长度10.7千兆大部分长长读物 研究人员注意到 出自非监听库
DeVos和他的同事集合阅读器使用Canu编译器编程606次共和架覆盖54个大基地,N50共和架长度为199千基
研究者报告的新汇编是最相连性R.索拉尼组装最大发布基因组集自纳米粒子阅读他们指出,N50Npore组件比先前报告短读基础部分大28倍R.索拉尼集合
调查人员进一步比较组装自单端Illuma MiSeq运算MiSeq运算生成1 390万双读数平均分解360核素,编组成123 016同组,总长度为71兆基和N50同组长度为1,029核素
研究人员报告,如果他们假设Miseq数据完美化,纳米粒子汇编出误差率为2 186个基数一错,700个基数一差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差二十九大基数差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差差率
vwin德赢ac米兰合作误差率高于期望值, 研究者还表示期望纳米粒子测序技术 和化学提高他们指出,他们计划利用高分子权数脱氧核糖核酸碎片和PromethIon测序器吞吐处理重复植物基因组