纽约——大约在成立三年后，应用蛋白质基因组学组织学习和结果(APOLLO)网络已经超越了最初的肺癌研究重点，增加了对多种癌症类型的分析，包括一项前瞻性的、多位点的研究。
Inova Fairfax医院女性健康研究主任、APOLLO计划的研究员Thomas conrad说，该网络还在努力整合其他蛋白质组学技术，包括数据独立采集(DIA)质谱、成像和自上而下的质谱。
宣布2016年7月，该项目是国家癌症研究所临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)、美国国防部和美国退伍军人事务部之间的合作项目。它旨在使用多种蛋白质组学和基因组工具来分析VA系统中患者的癌症样本，最终目标是使用蛋白质组学信息来指导患者的治疗。
该计划由六个子项目组成，同时运行，APOLLO 1到APOLLO 4分别专注于肺癌、卵巢癌、前列腺癌和乳腺癌的分析，主要使用生物银行样本。APOLLO 6专注于胰腺癌，也使用生物银行样本。
APOLLO 5子项目是一项前瞻性试验，在全美10个dod运营的医疗中心和3个VA站点登记癌症患者。
APOLLO网络负责人、沃尔特里德医院约翰P默萨癌症中心主任克雷格·施赖弗说，该试验将覆盖所有癌症。
他说:“我们希望为被诊断患有癌症的现役服役人员提供这项服务，这样我们就可以对他们的癌症进行分子分析，并可能识别出基因突变和其他可用于治疗的可操作靶点。”
施赖弗指出，参加APOLLO 5试验的患者将接受标准的治疗，但通过对他们肿瘤的蛋白质基因组分析产生的数据可能被用于指导额外的治疗，如果需要的话。
他说:“这不同于NCI-MATCH，我们有一个特定的周转时间……他们在等待发现他们可能或可能不适合接受什么治疗。”
Shriver说，APOLLO 5的患者除了接受体细胞测序外，还将接受种系测序。
他说:“因此，如果我们发现了一种种系突变，可以作为筛查或预防工作的一部分，甚至可以作为包括手术在内的靶向治疗的一部分，那么患者将得到通知。”
施莱弗说，APOLLO 5项目已经开始在帕洛阿尔托VA医疗中心登记病人，并计划在未来六个月内开始在大约一半的项目地点登记。
近年来，蛋白质基因组学已成为癌症研究的一个重要领域，人们希望通过整合蛋白质组学和基因组学数据(例如来自肿瘤样本的数据)，可以更好地了解患者癌症的分子特征，并为治疗提供帮助。
例如，过去的研究表明，潜在的有意义的蛋白质组学变化并不总是在基因组水平上存在，这意味着如果不进行蛋白质组学分析，可能会错过使更好的靶向治疗成为可能的信息。
此外，蛋白质水平的数据有希望有助于解释下一代测序所发现的大量基因组改变，因为蛋白质是介导许多生物过程的功能性分子，导致蛋白质变化的基因突变比不导致蛋白质变化的基因突变更有可能与疾病相关。
康拉德举了一个阿波罗一号项目的早期结果为例，在该项目中，研究人员发现了导致肺特异性蛋白改变的基因组突变，已知与炎症疾病和其他肺病理有关。
他说:“如果没有这种(蛋白质谱)，你就不一定能预测到这种基因型会导致患癌症的风险。”“所以我认为，我们将在这些试点项目中发现一些非常漂亮和有趣的小插曲，我们希望这些小插曲能够在阿波罗5号中得到真正的验证，并有大量的潜在收藏。”
NCI的CPTAC项目也关注蛋白质基因组学，但施赖弗说，APOLLO计划将补充和扩展该项目的工作，而不是复制它。例如，他说，APOLLO将有助于扩大CPTAC样本集中没有很好代表的人群的样本池，其中许多样本来自癌症基因组图谱(TCGA)项目，他指出，该项目因缺乏种族和民族多样性而受到批评。
他说:“TCGA显然是一个伟大的项目，但我们也许可以通过观察更多样化的样本集学到更多东西。”“我们国防部已经做好了充分准备。我们现有的生物库包含了真正丰富的(少数)亚种群。”
康拉德还指出，APOLLO的工作重点在于肿瘤微环境，而CPTAC的重点是整个组织消化。
他说:“我们所做的一切都专注于真正解开癌症和肿瘤微环境的纠缠。”“我们正在使用激光显微解剖来分析癌症上皮细胞和癌症基质，因为……我们不是基于肿瘤纯度或细胞数量来排除组织，所以我们确实在研究一个比以前在TCGA中分析的更广泛的肿瘤表型谱。”
在最近的美国质谱学会年会上，研究人员展示了APOLLO二号项目对卵巢癌的研究成果。在他们的研究结果中，发现了一个肿瘤子集，其蛋白质组学变化表明免疫细胞运动增加，但炎症信号减少，基因表达特征提示免疫细胞浸润。与免疫活性没有增加的肿瘤患者相比，这些患者的无进展生存期增加了1.33年。
康拉德说，作为肿瘤微环境研究重点的一部分，该联盟正在寻求增加一对新的研究人员——西北大学的尼尔·凯莱赫和范德比尔特大学的理查德·卡普里奥里，他们分别专攻自上而下的蛋白质组学和成像质谱。
他说，成像质谱法对分析低水平肿瘤细胞的样本特别有用，可以更好地了解这些癌症是如何重塑它们的环境的。
他说:“在许多这些表现非常糟糕的癌症中，肿瘤微环境发生了完全重塑，肿瘤只占细胞结构的很小一部分，这时就会发生大规模的粘连增生反应。”“我们对反应微环境了解不多，所以我们认为成像质谱将给我们一个独特的视角，将增强我们正在进行的激光显微解剖，以纯化那些不同的细胞子集。”
研究人员还与赛默飞世尔科学公司和来自国际癌症登月项目的研究人员合作，评估DIA质谱仪用于肿瘤分析的方法。去年，在康拉德领导的一项工作中，9个国家的11个实验室对DIA质谱仪的性能和再现性进行了高通量测试。
康拉德说，APOLLO的研究人员现在计划对先前使用等压标记分析的生物银行样本进行DIA质谱分析，这是该计划迄今为止使用的主要质谱工作流程。
他说:“对于每一份致力于(等压标签)的摘要，我们都保留了一小部分，我们将在DIA的同一个平台上运行(在赛默飞雪的合作中测试)。”
除了等压标记和DIA分析，研究人员还使用反相蛋白阵列和靶向质谱分析样品。