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台湾创业公司GeneASIC推出快速NGS数据分析设备

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芝加哥——一家台湾生物信息学初创公司选择了一个不同寻常的地点向世界宣布自己,并在本月介绍其第一款产品:CES,前身为消费电子展。

上周,在拉斯维加斯国际消费电子展(CES)的台湾科技展(Taiwan Tech Arena Pavilion)上,GeneASIC科技公司发布了其绝对不面向消费者的下一代测序分析加速平台(NGSAAP),这是一种软硬件结合的产品,承诺在大约30分钟内对30X全基因组测序数据进行二次分析,这要归功于硬件加速和专有算法。即将推出的配套产品将支持长读序列的二次分析。

GeneASIC参加CES有几个原因,最明显的原因是该公司希望其产品能帮助基因组测序成为主流。该公司举了英国的例子新生儿基因组计划美国国立卫生研究院我们所有人在美国的研究计划1 +百万基因组倡议在欧盟和澳大利亚基因组健康未来使命作为人口规模测序趋势的一部分。

“我们的目标是推广测序技术,(使其)从罕见转变为常规,”GeneASIC产品经理Tammy Huang说。“我们希望有一天,测序不仅仅是实验室中的技术。vwin德赢ac米兰合作它实际上应该是人人都能使用的技术。”vwin德赢ac米兰合作

她还指出,该公司所依赖的一些技术已经在消费电子产品制造商中很流行vwin德赢ac米兰合作。GeneASIC得名于其计划中的第二款产品背后的硬件,这是一种基于特定应用集成电路(ASIC)的设备。

据黄教授介绍,该产品旨在支持长读测序,尺寸应该和一个u盘一样小。她说,这种尺寸将使其适合与紧凑的测序仪一起现场使用,如牛津纳米孔技术公司的MinIon,它也具有ASIC功能。

目前推出的NGSAAP使用的是Xilinx公司的现场可编程门阵列(FPGA)芯片,Xilinx是一家硅谷公司,由台湾裔美国CEO彭鹏华(Victor Peng)经营。黄说,FPGA芯片和asic芯片在CES这样的环境中都是“相当通用的”。

台湾是全球半导体芯片制造中心,黄说,智科正在利用其学术关系与几家“大公司”进行对话,为长读取产品选择ASIC供应商。该公司预计将在2022年底推出基于asic的设备的早期版本。

虽然现在做出任何承诺还为时过早,但黄预计长读设备的速度甚至会快于新发布的NGSAAP提供的从原始序列到VCF文件的30分钟转换时间。

GeneASIC是由国立台湾大学和现在的国立阳明交通大学于2020年分离出来的。该公司目前没有首席执行官,由首席技术官杨家祥(Chia-Hsiang Yang)和首席技术官洪瑞雄(rui -Hung Hung)领导。

到目前为止,GeneASIC已经筹集了100万美元,领投方是台湾电脑存储芯片制造商AP memory。该公司表示,已开启新一轮融资,并正在寻求更多投资者支持ASIC产品的开发,资金数额不详。

NGSAAP和尚未命名的长读测序设备都将安装在本地,利用芯片的处理速度和GeneASIC的专有软件,提供快速、准确的就地测序分析。

研发总监亚历克斯·李(Alex Lee)表示,它小巧的外形将适合小型研究机构和社区卫生中心。Lee说,本地托管的设备不需要将整个基因组的FASTQ文件发送到云平台,因此可以减少计算时间和能源消耗。

此外,本地安装可以通过排除通过互联网传输大型、敏感数据集的需要来提高安全性,Lee说,尽管一些云计算公司表示,他们的技术高度安全得益于vwin德赢ac米兰合作加密

黄说,公司的主要目标市场将是已经熟悉测序技术的医院和研究机构。vwin德赢ac米兰合作随着NGSAAP的发布,GeneASIC正在联系几个未指定的组织和机构,对其第一个版本进行临床评估,并最终完善该产品。

但最终,GeneASIC希望将其技术应用于各种医疗保健环境,甚至初级保健诊所和消费者基因检测vwin德赢ac米兰合作公司。他说:“我们正在努力使它在许多情况下更易于部署。”

黄说:“我们希望有一天,测序能像例行检查一样。”“也许有一天,基因检测将成为你(健康)评估的一部分。这是我们的目标。”

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