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个体化推出生物信息学平台,拓展癌症药物研发工作

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芝加哥——本月早些时候,个体化公司推出了nRavel,这是一个基于人工智能的生物信息学平台,用于支持精确癌症研究。

这种新产品结合了德国汉堡肿瘤学公司的产品IndivuType多组学数据库与机器学习和一系列分析工具,以帮助研究人员发现新的药物靶点和开发新的癌症治疗方法。indivtype是一个在线资源,它将基因组、转录组、蛋白质组和数字组织病理学数据与数千名癌症患者的临床信息结合起来。

nRavel平台有三个主要组成部分:一系列癌症疾病模型,一个独立授权的自动机器学习系统JADBio以及一系列系统生物学和肿瘤信息学工具。

“我们认为nRavel是我们称之为发现飞轮的核心”,因为该公司拥有自己的多组学数据集,用于研究癌症生物学Indivumed c首席商务官Roald Forsberg是该公司indivtype信息业务部门的负责人。“因为我们现在有了nRavel平台,我们可以快速有效地从中获得见解。”

indiumed包含了nRavel的六个工具箱:免疫肿瘤学、途径和信号、生物标志物、基因组学、签名和临床分析。Forsberg说,这些不是不同的产品,而是一种对肿瘤生物学不同方面进行分类的方法,因为许多工具是重叠的。

福斯伯格说:“基于我们自己对数据的使用方式,以及我们与客户、服务项目和合作项目的互动方式,他们实现了有机增长。”他希望每个工具箱的组成都能进化。

该公司还建立了一系列内部处理管道来生成多组学数据。这个内部基础设施还没有被广泛宣传,它的特点是一个工作流集成和管理系统来自动化组学处理。

“我们对提取的组织有很高的标准。我们对从组织中提取的数据也有很高的标准。”

他半开玩笑地说,indiumed会用大量的质量指标来“纠缠”它的客户,Forsberg说这是使数据尽可能有用的必要条件。

Forsberg在一年半前加入了indiumed,他称nRavel是多年来建立信息学基础设施努力的成果,并补充说nRavel是公司将所有信息学组件整合到一个单一平台上的方式。

首席执行官哈特穆特·朱尔表示,这是他多年来设想的潜力的实现。

Juhl是一名对转化癌症研究感兴趣的外科肿瘤学家,他于2002年创办了这家公司。自那时起,indiumed已经开发出了他所谓的“诊所组织收集的工业标准”,以确保样本质量。

直到最近几年,信息学技术才赶上来,实现了Juhl的愿望,即能够“完全破译每一个病人的癌症生物学,了解疾病,vwin德赢ac米兰合作根据现有的方法针对癌症”,并开发新的化合物。

2018年初,个体化之后收到了4000万美元(4770万美元)的贷款Juhl表示,该公司将利用这笔资金扩大其为制药和生物技术公司提供的肿瘤数据和分析服务的广度,着眼于最终提供更多临床导向的资源,使医生能够更有效地治疗患者,并选择相关的临床试验。vwin德赢ac米兰合作

Juhl本月表示,三年后重读这则新闻时,他笑了,因为他的愿景现在正在实现。

除了在此期间加强信息系统,该公司还改变了其商业模式。个体化正在减少对数据库外发许可的依赖。相反,它在内部和与制药公司的合作中,积极开发新靶点和早期药物发现。

今年,英迪公司成立了两家药物开发子公司。Ix Therapeutics是与Xlife Sciences在3月份成立的合资公司,旨在开发功能性抗体,而该公司在5月份与美因茨(德国)大学医学中心合作创建了KHR Biotec,旨在开发RAS突变的治疗方法。

去年,这家公司创立了肿瘤个体化医疗联盟,简称Onco AI-Med这是癌症诊所和研究机构之间的伙伴关系,根据它们在分子癌症治疗方面的研究活动和专业知识选择。

individual还与包括UltivueEvotecBiognosysPersonalis,以及众多学术机构。

Personalis为indiumed处理所有下一代测序分析,将数据上传到云端,以满足indiumed的多组学处理管道。福斯伯格说:“由于蛋白质组学、转录组学、磷蛋白质组学,甚至小RNA和全基因组序列的处理都很复杂,因此我们付出了相当大的努力。”

在本月推出nRavel时,indiumed表示默克公司已经成为该新平台的早期用户。该公司通过indiomed拒绝置评。

与早期的indiumed技术一样,新的nRavel平台运行在亚马逊网络服务云上。

该公司已经积累了大量快速冷冻的肿瘤和邻近正常组织样本的生物银行。Juhl说:“我们将原始数据,也就是冷冻材料,转化为一个真正的多组学数据库,”然后用人工智能和其他生物信息学分析数据。

individual力争在10分钟内冷冻样本,以确保其标本的质量。Juhl说,这种速度对于蛋白质组学和转录组学来说是必不可少的,因为在外科医生切除组织后的几分钟内,表达水平就会发生变化。

虽然许多公司现在都在应用AI来寻找新的药物靶点和化合物,但Juhl表示,indiumed的独特之处在于拥有“正确的”数据,即可比较的组织和组织数据,以促进大规模的多组学分析,包括转录组学、蛋白质组学,甚至是磷蛋白质组学。

该公司还为特定的患者队列建立了纵向数据库。

Juhl说:“作为一个发现平台,nRavel是一个独特的工具,因为我们已经拥有了与大多数其他公司不同的数据,”他们使用的是同样的公开数据库,“但质量价值有限。”

公司内部的生物库和临床网络也使indigo能够迅速验证其研究结果。

“如果我们想要验证我们已经识别的蛋白质的位置,我们可以进行免疫组化。我们可以回去做免疫肽组学之类的事情。”“我们还可以对数据进行空间转录组学等研究。”

福斯伯格说,该公司希望“将发现与肿瘤的‘地理位置’联系起来”,以创建一个涉及技术、数据库和临床研究人员的有效反馈循环。vwin德赢ac米兰合作

在一个海报在本月举行的美国临床肿瘤学院(American College of Clinical Oncology)虚拟会议上,来自indiomed及其一些学术合作伙伴的研究人员表明,只需两种生物标志物,indiomed和Onco AI-Med技术就可以区分结肠左右两侧的癌症。vwin德赢ac米兰合作

这篇论文的作者之一是牛津大学(University of Oxford)癌症医学教授、欧洲肿瘤医学学会(European Society for Medical Oncology)前主席戴维·克尔(David Kerr)。

克尔最初是从同事约翰·马歇尔(John Marshall)那里了解到indiumed的。马歇尔是华盛顿特区Medstar乔治敦大学医院的首席血液学家/肿瘤学家,也是indiumed临床顾问委员会主席。马歇尔是ASCO海报的主要作者。

科尔说,他被indiumed公司吸引是因为该公司对组织收集和策展工作一丝不苟。

科尔说:“对于我们来说,为了能够(做出像海报中描述的那样的发现),我们需要能够以一种非常明确的方式收集组织。”“我们需要将其与临床数据联系起来,包括人口统计数据和结果数据,然后对该组织进行多组学或多维度调查、分析和研究。”

克尔说,nRavel技术允许癌症研究人员以多种不同的vwin德赢ac米兰合作方式检查组织。他说:“未来似乎是多路复用,或将基因整合在一起,[观察]DNA会发生什么,RNA会发生什么,蛋白质会发生什么,蛋白质的磷酸化会发生什么。”

Kerr解释说,将这些活动整合在一起,就产生了一个关于潜在生物标志物、药物靶点和可能从某些治疗中受益的患者的更完整的图景。Kerr长期对转化肿瘤学有兴趣。

科尔说:“他们所有工具箱的整合为它提供了巨大的力量。”“将(多组学数据)与非常聪明的生物信息学和数据的数学分析联系起来,似乎是未来的方向。”

虽然科尔从事癌症研究已有几十年,并建立了自己的同事和合作者网络,但他说,个性化网络帮助他把新的人引入了转化癌症医学的世界。他说,利用组织生物学来改善患者与治疗的匹配是“精确癌症医学的基础”。

据Juhl报道,随着其成熟的生物信息学平台现已上市,个体化将寻求通过其制药子公司将其开发的化合物授权给更大的制药公司,并进入合作开发协议,以推进其研究结果进入临床试验。

Juhl说:“从长远来看,我们还希望利用Onco AI-Med网络进行临床试验,这样我们也可以支持临床开发并加速它。”他补充说,Onco AI-Med还可以让该公司在分子诊断领域站稳脚跟,因为该联盟将多组学检测结果返回给患者。

“这仍然是研究,这是肯定的,”Juhl说。“但我们已经与临床医生合作,希望这是一种新的诊断方法,可以说是一种更系统的生物学方法来理解疾病。”

Juhl表示,Onco AI-Med网络将成为分发公司参考数据库的工具。他说:“公司的长期愿景是拥有这个参考数据库,然后你可以利用它为患者提供指导和更好的治疗。”

自获得欧洲投资银行(European Investment Bank)贷款以来,individual已经获得了一些未披露的私人资金,Juhl表示,公司正在就新的投资进行谈判。

Juhl说:“我们正在把indiumed这个平台技术,这个开发分析平台,转变为一家生物技术药物开发vwin德赢ac米兰合作公司。”

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