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Sherlock Biosciences的目标是创建“应该在哪里进行测试,但没有”的Dx工具

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工程生物学初创公司Sherlock Biosciences在过去两个月获得了两项新的拨款,这将帮助该公司开发其孪生技术平台Sherlock和INSPECTR,为几乎可以在任何环境或情况下使用的新诊断测试奠定基础。vwin德赢ac米兰合作

今年9月,该公司宣布成功获得美国国防部国防威胁减少局(DTRA)价值约200万美元的合同开发病原体和其他生物威胁的快速诊断方法。这笔大约为期两年的资金将帮助该公司开发战场环境下的夏洛克平台,并完善其计算工具。

本周,Sherlock和Mologic宣布他们已经找到了答案接受了比尔和梅林达·盖茨基金会的资助开发横向流动和分子诊断技术相结合的测试,用于低资源环境和家庭。补助金的数额没有公布。

《神探夏洛克》今年3月开播初期融资3500万美元,并从布罗德研究所和哈佛大学技术发展办公室获得CRISPR和合成生物学基础技术的许可。vwin德赢ac米兰合作该公司的目标是使用工程生物学工具,包括CRISPR和合成生物学,开发新一代分子诊断,能够以低成本快速提供结果,满足广泛的需求。

换句话说,该公司并没有改进现有的诊断测试方法,而是试图开发目前不存在的诊断方法,以对各种疾病进行测试,“这些疾病应该做,但没有做,”首席执行官拉胡尔·丹达(Rahul Dhanda)说。所以,正如公司所设想的那样,夏洛克的测试将在医生的办公室和医院中发挥作用,它们也将被用于战场、家庭和资源匮乏的环境中。

该公司的基础平台之一SHERLOCK(特异性高灵敏度酶报告解锁),由张锋的团队于2017年4月在Broad研究所首次开发。该团队在2018年3月对该技术进行了改进,以使其更接近于在现场和临床vwin德赢ac米兰合作中使用。Broad研究员Pardis Sabeti领导的团队在2018年4月证明,SHERLOCK可以用作现场检测寨卡病毒的诊断工具。

SHERLOCK将各种CRISPR-Cas13酶类型与Cas12a和Csm6结合在一起,允许同时检测多种核酸。它还有一个由纸制成的双侧流动条——这种视觉读数不需要任何额外的仪器,就像验孕棒一样。

INSPECTR(内部夹板配对表达盒翻译反应)是该公司的另一个基础平台,是由Wyss研究所的Jim Collins领导的团队开发的基于合成生物学的分子诊断系统。该技术可vwin德赢ac米兰合作以在不需要仪器的情况下,在室温下根据单个核苷酸来区分目标。它由一个基于DNA杂交的传感器组成,可以通过编程来检测具有单碱基对特异性的目标核酸,再加上一个基于纸的合成基因网络,将传感器的检测转化为生物发光信号。

Dhanda表示,该公司获得的赠款将使其能够进一步开发这些技术。他们还资助了一项深度学习人工智能技术的开发,该技术可用于加快基于SHERLOCK和INSPECTR的新诊断方法的创建。vwin德赢ac米兰合作

Dhanda在谈到DTRA拨款时说:“部分资金用于设计分析的生物信息学前端,这样开发效率就会很高,我们可以对任何新出现的威胁做出非常快速的反应。”“如果有人开发出一种可以武器化的新型感染病原体,我们就可以在这个项目结束时迅速做出反应,这样就可以很快得到一些可用的东西来对付它。”

他补充说,这笔资金也主要用于进一步开发《神探夏洛克》。

与此同时,盖茨基金会的拨款将主要用于开发低成本、高精度、简单和快速的分子诊断工具,这些工具可以部署在基金会主要关注的地区,并且可以用于资源匮乏的环境,在这些环境中,医疗工作者受到限制,无法使用目前用于高科技疾病检测的大多数仪器。Dhanda说,盖茨基金会有一个传染病目标清单,它希望在资源匮乏的环境中对这些传染病进行监测和检测。

对于Sherlock来说,这笔赠款是一个进一步开发INSPECTR平台的机会,并表明该技术能够提供几乎可以在任何地方使用的诊断。vwin德赢ac米兰合作

Dhanda解释说:“粗略地说,我认为如果有什么东西必须进行超快速和超灵敏的检测,我们可能会使用SHERLOCK,因为它在灵敏度方面更进一步。”“如果在一个非常偏远的地区,即使是一个小型仪器也不支持使用它,即使它是由电池供电的,在这种情况下,我们可能会使用INSPECTR。”

夏洛克计划开发多种化验方法。Dhanda说,该基金会正在寻找一种离散的测试,每一种测试都可以通过潜在的观察感染的多种标记来诊断单一类型的感染因子。

该公司已经在SHERLOCK和INSPECTR上取得了进一步的进展,因为它是从隐形中出现的。对于SHERLOCK,研究人员正在考虑使用其他核酸酶,而不是目前使用的核酸酶,并试图确定哪种酶在哪种情况下有用。

Dhanda说:“围绕Sherlock的大部分改进都是为了确保每一种试验的稳健性是一致的,这样我们就可以适当地生产和开发产品。”“我们已经加强了很多性能,以确保它能够满足我们开发的任何测试和产品。”

至于INSPECTR, Sherlock公司的首席技术官William Blake解释说,他们正试图利用这个平台来填补当前分子诊断技术与免疫分析等老式检测方法之间的空白,这些方法非常简单,运行成本也不高。vwin德赢ac米兰合作

他说:“目前还没有一种类似于检测核酸的免疫分析方法,所以INSPECTR是一个实现这一点的平台。”“它将核酸杂交转化为编码输出,可以是一个报告者,它可以是催化反应并导致颜色变化的酶,它可以是通过更传统的横向流动技术检测到的抗原。vwin德赢ac米兰合作因此,在内部,我们正在推动这项技术朝着简单易用的诊断测试方向发展,不需要仪器vwin德赢ac米兰合作和温度控制,这些特征在目前的分子诊断分析中更为典型。”

Blakvwin德赢ac米兰合作e解释说,这项技术是基于使用无细胞系统,使细胞的某些功能在活细胞环境之外发生。柯林斯实验室的研究表明,无细胞系统本质上是细胞提取物,使转录和翻译等功能在同质环境中发生。Collins和他的团队表明,提取细胞并将其冷冻干燥到像纸这样的多孔基质中是可能的,并且这种无细胞系统可以在环境温度下存储一年以上,并且在重新水化时,转录和翻译功能仍然活跃。

“这导致了INSPECTR的基础,它使用的是无细胞系统,固有的低成本和可编程。它可以通过冷冻干燥来稳定,并在环境温度下储存,”布莱克说。“再加上探针设计的创新,使INSPECTR成为可能,在INSPECTR中,你有基于目标存在的核酸序列探针聚集在一起。当这些探针序列聚集在一起时,就形成了一个表达盒,使无细胞系统中的转录能够翻译成编码输出,然后可以催化反应。”

由于无细胞系统在较宽的温度范围内活跃,这对现有的免疫测定更典型,并且没有目标序列的放大,因此该平台能够开发无需仪器的纸质或一次性塑料诊断,更类似于现代妊娠测试。

该公司还在寻找可能将SHERLOCK和INSPECTR结合起来的方法,让它们一起工作。Blake说,这种组合可以利用INSPECTR在前端环境温度下检测核酸的能力,以及SHERLOCK在后端产生非常具体反应的能力。

他补充说:“因此,如果你想在使用仪器之外利用我们基于CRISPR-Cas的诊断,通过结合这些技术,你可能能够利用INSPECTR的好处,以及它在不使用仪器的情况下使用的能力,以及基于CRISPR-Cas诊断系统的高特异性优势。”

Dhanda说,总的来说,该公司正在寻找那些集中的、快速的、高度敏感的结果最有价值的应用程序,因此最初的重点是传染病。但最让夏洛克兴奋的前景是,与最近开发的测试不同的诊断工具的创造,Dhanda称,在过去的30或40年里,这些测试只不过是渐渐式的改进。

Dhanda说:“[工程生物学]工具适用范围非常广泛,而且功能非常强大,它们为解决我们以前认为无法解决的问题引入了新的方法。”“让我兴奋的是,INSPECTR和CRISPR也属于这一类,我们可以从新技术开始解决问题,而不是采用现有技术。vwin德赢ac米兰合作诊断一直是我们研究如何使PCR工作更快或使用微流体净化样品的领域。相反,我们立即回答所有这些问题,并使用这些工程生物学工具,这些工具实际上由我们试图分析的生物学组成。”

按照Dhanda的想法,这种新的诊断方式将使Sherlock能够为多种环境创建测试。他说:“这些平台可以应用于目前DNA检测的任何地方,也可以应用于不应该进行DNA检测的任何地方。”

例如,病人可以在医生的办公室里进行流感等感染的检测,并很快得到结果。或者病人可以在家里自己检查,然后不需要离开家就可以去看医生。它们可以用来监测特定治疗对患者的影响。重要的是,这种诊断方法可以应用于发展中国家。

事实上,该公司正在研究开发用于治疗监测的检测方法的可能性,这可能对肿瘤学有用,尽管这一想法仍处于早期阶段。丹达说,夏洛克还与制药公司讨论了开发可用于药物开发的分析方法。

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