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NanoString Technologies为CosMx空间生物学平台的发射做好准备

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为今年晚些时候CosMx空间多组学成像平台的首次亮相做准备,纳米弦技术公司本周提供了技术上的预览,同时展示了研究人员的早期兴趣。

尽管10x Genomics即将提起专利侵权诉讼,技术细节仍有待完善,但NanoString表示,公司目前正在“积极推广”CosMx,并希望在第四季度首次商业发货前“积累数十份订单”。

在周二的电话会议上概述了该公司的业绩2021年的收益,首席执行官Brad Gray强调了几个“重要的CosMx里程碑”,包括一个BioRxiv描述了CosMx技术和性能的预印本,并发布了一个映射近100vwin德赢ac米兰合作0个rna的数据集原位在单细胞分辨率使用福尔马林固定石蜡包埋样品。

格雷说:“这些发布一起为CosMx创造了相当大的轰动。”他强调了手稿的近6000次下载和国家卫生研究院为CosMx拨款申请包的400次下载。根据格雷的说法,NanoString在2021年产生了20个CosMx订单。他说,这些订单“展示了该公司两个空间生物学平台的高度互补性”,因为95%的CosMx系统订单要么与新的GeoMx捆绑在一起,要么出售给现有的GeoMx客户。

“CosMx”为研究人员提供了检查更多基因的能力原位NanoString的营销副总裁安娜·伯丁在财报电话会议前一天的公司年度用户大会上介绍该平台时说:“该系统拥有超过1000个基因的大面板,即使是很低的拷贝数也能检测到。”CosMx的其他功能还包括它的多组学能力,可以跨各种样品类型工作,包括福尔马林固定的石蜡包埋组织,以及可以提供亚细胞分辨率的3D成像系统。

伯丁还表示,CosMx将提供“广泛的内容选项菜单”,包括现成的RNA和蛋白质面板,这些面板可通过插入内容进行定制,“可添加多达50个用户定义的RNA靶标”。此外,新平台将为用户提供创建自己的“完全可定制面板”的能力,她说,包括1000 plex面板“专门为单细胞应用程序设计,如细胞类型和细胞间相互作用研究。”

为了支持数据可视化和分析,NanoString还计划推出空间生物学门户,这是一个基于云的系统,将为CosMx和GeoMx系统提供“集成数据分析”,具有“直观的界面”,Berdine说,并补充说,该门户将促进跨机构的合作,并提供与特定研究相关的所有结果的集成视图。

在会议期间,NanoString的首席技术官兼研发高级副总裁Joseph Beechem将CosMx吹捧为“空间生物学中的哈勃望远镜”,介绍了该仪器的内部工作原理,包括他所描述的“完全数据驱动”和“自动化”过程。据Beechem介绍,CosMx的操作分为7个步骤,包括整个组织切片的快速低分辨率扫描、形态学标记和细胞核染色、细胞膜染色、1000个靶向基因的转录物成像、使用多模式方法进行细胞分割、转录物分配到单细胞以及细胞分型和定位。

Beechem说,除了高杂链RNA面板,CosMx还提供高杂链蛋白质面板。他说,虽然RNA信息层提供了关于组织功能的信息,但蛋白质面板揭示了“绝对的组织结构”。

Beechem还强调了CosMx的一个数据集,其中包含来自非小细胞肺癌FFPE组织的约80万个细胞和2.6亿个转录本,该公司在去年11月公开了该数据集。具体地说,他指出,数据显示CosMx在独立于样本RNA质量的细胞检测上达到了96%的效率。“这就是做的好处原位-比彻姆说。“我们的小杂交条形码与样本中小的、碎片化的RNA分子杂交没有问题。”

尽管数据很有希望,但公司高管表示,为发射CosMx还有很多工作要做。首席执行官Gray承认,尽管公司已经生成了公开发布的关于CosMx仪器原型的数据,这些原型“正在西雅图的我们手中工作”,但这些原型“不适合装箱并运送给客户”。

为此,他说公司仍然需要“提高系统的整体稳健性”,包括最终确定布局和软件界面,使其易于使用。Gray说:“这就是从现在到发布之间的主要工程工作量。”他补充说,虽然NanoString希望最终产品将与beta系统“在物理上几乎相同”,但软件仍然没有“100%锁定系统”,需要额外的反馈。

Gray补充说:“我们计划在第二季度向客户交付我们的第一个测试系统,使我们能够获得关于安装、培训和工作流程的反馈。”“与此同时,我们使用beta系统来扩大我们的CosMx技术访问计划(TAP)的容量,目前该计划已经获得了充分的订阅。”vwin德赢ac米兰合作

在发布策略方面,Gray表示,公司将在很大程度上遵循与发布GeoMx“相同的策略”。也就是说,他认为这两个平台在发布后将有相似的发展轨迹。他说,在GeoMx公司,“我们每个季度能接到10个、12个或15个左右(订单)。”“这种趋势正是我们对CosMx订单的预期。”

为此,Gray声称,CosMx的推出将使NanoString的空间生物学市场“规模翻倍”,使公司能够覆盖“几乎所有60亿美元的空间研究市场”。他还认为,从CosMx的前20份订单来看,CosMx可能会为公司的客户群带来“比NanoString历史上服务的更广泛的科学兴趣”。“我们过去一直非常关注肿瘤,”格雷说。“但CosMx的很多兴趣将来自更传统的单细胞生物学家。”

然而,CosMx很可能不会一帆风顺。周一,10x基因组公司起诉NanoString公司涉嫌专利侵权这两项专利是由10x公司在威斯研究所和哈佛医学院的乔治·丘奇实验室授权的。

作为NanoString的竞争对手,10x发布了其Xenium平台原位自今年1月收购ReadCoor以来,该公司一直在开发一个空间平台。上个月,10x还宣布将把《Xenium》的发布时间从2023年加快到今年年底。

在电话会议上,格雷拒绝提供有关诉讼的更多细节,只是宣布公司管理人员“已经研究了这些索赔,相信我们没有侵权。”

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