吉利德科学公司(Gilead Sciences)和第二基因组公司(Second Genome)启动了一项合作，以确定与吉利德在炎症、纤维化和其他疾病中多达五种管道化合物的临床反应相关的生物标志物。该团队还致力于确定治疗炎症性肠病(IBD)的潜在靶点和候选药物。
作为项目的一部分，总部位于南旧金山的第二基因组公司将使用其微生物组分析平台来识别与吉利德临床药物反应相关的新型生物标志物。
根据Second Genome网站，该平台通过整合16S rRNA基因群落分析、PhyloChip、宏基因组元转录组学和推断的功能图谱，优先进行验证性分析。
该公司利用SG知识库组织组学数据和临床元数据进行系统挖掘。使用一个定义的内部层次本体，数据库策划数据，以允许交叉研究分析。处理后的数据进一步细化，以识别来自微生物暗物质的新基因产品，并识别存在的细菌和古细菌菌株。
从那里，该公司评估微生物组的定量分类学和功能概况，并将它们连接到其微生物组治疗数据库。
第二基因组的平台然后测试从信息学分析中选择的多肽、蛋白质和代谢物在传统药物中的活性在体外化验,在活的有机体内模型。经过优化以提高效力、稳定性、可制造性和安全性后，这些分子进行药物开发过程，以在临床前和研究中进行新的药物使能研究。
第二基因组公司的平台还将分析与IBD相关的新靶点和候选药物。该公司相信，该平台将有助于患者分层，并改善潜在的未来治疗。
吉利德研究执行副总裁William Lee在一份声明中说:“越来越多的证据表明，微生物组在炎症性疾病的疾病进展和治疗反应中发挥着重要作用。”“我们期待与第二基因组公司合作，研究微生物组在炎症性疾病，特别是IBD中的作用，在炎症性疾病中，患者使用传统疗法实现长期缓解可能面临重大挑战。”
Second Genome将获得3800万美元的预付款，以及5个目标发现项目中每个项目的临床前成功、临床监管和商业里程碑的最高约3亿美元，此外还将获得低两位数的已批准产品使用费。作为协议的一部分，该公司还将获得每个已验证的生物标志物的成功里程碑。
第二基因组公司首席执行官Karim Dabbagh在一份声明中说:“第二基因组平台试图通过微生物组的视角重新定义疾病，利用这一不可思议的资源来确定潜在的生物标志物和治疗方法。”“我们相信微生物组能够洞察患者的异质性，以及对特定治疗的反应。这些差异能够识别重要的生物标志物，从而提高精准医疗，更好地细分患者，以及潜在的联合治疗。”
吉利德将拥有5个针对所有疾病的项目的全球权利，以及合作开发的所有生物标志物的独家权利。