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具有更高遗传多样性的GWAS可更准确地使用多基因风险评分

纽约-一个研究遗传多样性在脂类全基因组关联研究中的影响的国际研究团队已经确定,增加多样性将导致在临床实践中更准确和公平地应用多基因评分,特别是随着GWAS的重点扩展到基因鉴定之外,并将遗传变异用于预防和精准医疗。

一项研究发表在周四自然研究人员指出,尽管在预防和治疗方面取得了进展,特别是通过降低低密度脂蛋白胆固醇水平,但心脏病仍然是世界范围内导致死亡的主要原因。血脂水平的GWAS已经为心血管疾病带来了重要的生物学和临床见解,以及新的药物靶点,但大多数GWAS都是在欧洲血统的人群中进行的,可能遗漏了导致其他血统人群血脂水平变化的遗传变异,如等位基因频率的差异、效应大小和连锁失衡模式。

在他们的论文中,研究人员对近170万人进行了多血统、全基因组的遗传发现荟萃分析,其中包括35万名非欧洲血统的人。他们量化了研究非欧洲祖先的收益,并提供了证据来支持扩大招募更多的祖先,即使样本量相对较小。

作者写道:“我们发现,增加多样性,而不是研究更多的欧洲血统的个体,会导致精细测绘功能变异和多基因预测的可移植性的显著改善。”“发现的基因座和祖先特异性变异的数量也有所增加。”

研究人员首先分析了全球脂质遗传学联盟的数据,该联盟汇总了201项初步研究中1,654,960名个体的GWAS结果,代表五个遗传血统群体:混合非洲人或非洲人(99,432人,占总队列的6%);东亚(146,492人,占队列的8.9%);欧洲人(1,320,016人或79.8%的队列);西班牙裔(48,057人或2.9%的队列);南亚人(40963人,占队列的2.5%)。

他们对五种血脂特征进行了GWAS:低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、甘油三酯(tg)、总胆固醇(TC)和非高密度脂蛋白胆固醇(non-HDL-C)。在成功通过变异水平质量控制的单倍型参考联盟(Haplotype Reference Consortium)或1000个基因组阶段3估算的9100万个变异中,至少有两个队列中存在5200万个变异,并且具有足够的小等位基因计数,可以作为潜在的指标变异进行评估。

总的来说,研究人员发现了773个与脂质相关的基因组区域,其中包含1765个不同的指数变异,这些变异达到了全基因组意义,这些变异之前已被报道与五种脂质性状中的任何一种相关。在这些基因座中,76%仅在欧洲血统特异性分析中被确定。在非欧洲血统中,非洲血统GWAS比任何其他非欧洲血统群体识别出更多的祖先特异性位点——15个位点是混合非洲或非洲人所独有的,6个位点是东亚人所独有的,6个位点是西班牙人所独有的,1个位点是南亚人所独有的。

在随后的分析中,研究人员评估了多基因风险评分在不同血统群体中预测LDL-C水平增加的潜力,LDL-C水平是冠状动脉疾病的主要因果危险因素。他们创建了三个不重叠的数据集来执行特定于祖先或多祖先的GWAS,以估计不同的效应大小;优化风险评分参数;并评估所得分数的效用。

总的来说,他们发现,所有祖先中LDL-C的多基因预测似乎从添加不同祖先的样本中受益最大,前提是已经包括了大量欧洲血统的个体。然而,他们补充说,还需要进一步的研究来确定这是否适用于具有不同遗传结构和遗传力的其他表型。

作者写道:“我们的研究结果表明,使研究人群多样化,而不是简单地增加样本量,是现在唯一最有效的方法”,以提高对生物学基础疾病的理解,确定潜在的治疗靶点,并确定人群中不良健康结果高风险的个体,至少在血脂的情况下是这样。

他们补充说:“总的来说,我们的研究结果强烈支持正在进行和未来的大规模招募工作,目标是招募和收集非欧洲血统的参与者的DNA。”“遗传学家和那些负责队列开发的人应该继续使遗传发现数据集多样化,同时以具有成本效益的方式增加样本量,以确保遗传研究减少而不是加剧种族、血统、地理区域和国籍之间现有的健康不平等。”

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